微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。所以我们提倡有机肥和和菌肥搭配使用!
微生物肥料的主要功效是改善土壤环境，促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。
当然，考虑微生物菌肥主要成分为生物活性菌，在使用过程中存在以下几方面不足：
1、见杀菌剂就死亡，不能与杀菌剂混合使用，防治根腐病、根癌等土传病害;
2、见紫外线就死亡，秋季施基肥时期为太阳紫外线质量最好阶段，紫外线可以杀灭微生物菌肥里面的生物活性菌;
3，与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
另外，菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。再有，不同菌种在土壤中将起到不同作用，供您参考
枯草芽孢杆菌：可增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢杆菌：能释放出可溶磷、钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆菌：能抗病、杀灭有害菌。
苏云金芽孢杆菌：能杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
胶质芽孢杆菌：具有溶磷、释钾和固氮功能，能分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌：能扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体，提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉菌：能使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质含量，改善土壤结构。
淡紫拟青霉菌：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。
土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的作用。
根系衰弱：根系靠什么促?
首先是根的趋水趋肥性，使根系有一种内在的向外向下伸长的刺激，缺了有机质的土壤含水性差，各类肥料溶液向根部“表达”能力差，致使根系生长的内在刺激不足;其次，土壤微生物同根系的互动，是根系生长的外源刺激。
土壤板结的主要原因是有机质的缺失，而不是由于使用化肥。这并不是说化肥对土壤板结没影响。有机质缺失，化肥对土壤板结影响的烈度就更加凸显。而有机质丰富，化肥被利用率大大提高了，化肥残留于土壤中的硫酸根、氯离子、亚硝酸盐等物质会因转化为水溶有机化合物， 以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。
所以归根结底，化肥“使土壤板结”的负面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。
土壤中有机质不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根际微生物群落稀疏，根系生长的外源刺激太弱，根系就失去了生长的外部刺激。
土壤板结和药害(土壤中农药残留严重)造成农作物多种病害。如果土壤中有机质丰富，这些危害是可以减轻甚至是可以避免的。